Sedan starten har Björn Carlsons Östersjöstiftelse (BalticSea2020) verkat för ett friskare Östersjön. Stiftelsen har finansierat nästan 100 projekt och styrelsen fattat beslut om anslag på cirka 650 miljoner kronor till projekt inom programområdena Övergödning, Fiske och Information. År 2020 påbörjade stiftelsen planenligt att förändra sitt miljöarbete, för att 2021 byta inriktning från en forskningsstiftelse till en pris- och forskningsstiftelse. Det innebär att stiftelsen har inrättat ett årligt pris – Björn Carlsons Östersjöpris, med en summa på initialt 3 miljoner kronor.